بعد تأثير الكارثة الرابعة، يجد شينجي وأسوكا وري أنفسهم عالقين بدون وحداتهم إيفانجيليون، ويجدون ملاذًا في إحدى الجيوب النادرة التي تضم بقايا البشرية على كوكب الأرض المدمر. هناك، يعيش كل شخص منهم حياة مختلفة تمامًا عما كانوا عليه كطياري إيفانجيليون في السابق. ومع ذلك، الخطر على العالم لم ينتهِ بعد. حيث تظهر تهديدات جديدة في الأفق، تهديد سيكون هو النهاية الحقيقية لإيفانجيليون.