بعد مرور 14 عامًا على الكارثة الثالثة، تغيرت الأرض تمامًا وانهارت حضارة البشر. وأصبحت هوية الأشخاص الذين يعرفهم شينجي إيكاري غير معروفة تقريبًا. تم إنقاذه من الفضاء داخل وحدة إيفانجيليون 01 بواسطة أسوكا لانجلي شيكينامي وماري إيلوستريس ماكينامي. لكنه يجد نفسه أسيرًا لوحدة ويلي، الفصيل العسكري الذي تقوده ميساتو كاتسوراغي، وصيته السابقة.