في أرجاء اليابان، تتجلى حروب سرية تجري خلف الكواليس، حيث يتم تكليف حوالي 200,000 شخص بتنفيذ مهام قاتلة كجزء من منظمة سرية يطلق عليها إسم “الاستخبارات الوطنية للنينجا”، المعروفة اختصاراً بـ “NIN”. ولكن، يظهر منافس يعرف باسم “النينجا السفلي” أو “UNDER NINJA”، وهم يعارضون منظمة NIN في كل فرصة تتاح لهم. أحد هؤلاء النينجا من UNDER NINJA هو شاب يُدعى كورو، يدرس في المدرسة الثانوية ويعيش حياة منعزلة، وقد تم إرساله إلى خطوط المواجهة. كيف سوف يكون مصيره؟ وأي من الجماعتين ستنتصر؟